HBV genotype giải trình tự gene
MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊN LÝ
Mục đích
Xác định genotype HBV (virus viêm gan B).
Nguyên lý
Bằng kỹ thuật giải trình tự nucleotide của gen đặc trưng cho HBV.
CHUẨN BỊ
Người thực hiện
Người thực hành: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh.
Người nhận định và phê duyệt kết quả: Cán bộ xét nghiệm có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.
công cụ, hóa chất
Phương tiện, hóa chất như thí dụ dưới đây hoặc tương đương.
Trang thiết bị
Tủ an toàn sinh vật học cấp 2.
Máy PCR.
Máy đọc điện di.
Máy giải lớp lang gen.
Máy ly tâm 25000 x g.
Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml.
Máy ủ nhiệt.
Máy vortex.
Micropipette.
Bộ lưu điện.
phương tiện, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)
Định mức sinh phẩm và vật tư tiêu hao cho 3 mẫu/lần thực hiện (VD).
|
STT |
phí tổn hóa chất, vật tư tiêu hao |
Đơn vị |
Số lượng |
|
1 |
Bông |
kg |
0,001 |
|
2 |
Cồn |
ml |
1,000 |
|
3 |
Bơm kim tiêm |
Cái |
1,000 |
|
4 |
Panh |
Cái |
0,0001 |
|
5 |
Khay đựng bệnh phẩm |
Cái |
0,0001 |
|
6 |
Hộp chuyên chở bệnh phẩm |
Test |
0,001 |
|
7 |
Tube đựng bệnh phẩm |
Cái |
2,000 |
|
8 |
Găng không có bột tal ( DNase-RNase free) |
Cái |
0,500 |
|
9 |
Sinh phẩm chẩn đoán |
Test |
1,000 |
|
10 |
Khấu hao sinh phẩm cho rà soát lại |
Test |
1,350 |
|
11 |
Kit tách chiết DNA từ virus |
Test |
2,350 |
|
12 |
EQAS (nếu thực hành) * |
0,020 |
|
|
13 |
DNA marker |
Bộ |
1,000 |
|
14 |
Primer 1 (vòng 1) |
ml |
0,0001 |
|
15 |
Primer 2 (vòng 1) |
ml |
0,0001 |
|
16 |
Primer 3 (vòng 2) |
ml |
0,0001 |
|
17 |
Primer 4 (vòng 2) |
ml |
0,0001 |
|
18 |
Ống Eppendorf 1,5 ml |
Tube |
3,000 |
|
19 |
Ống Eppendorf 0,2 ml |
Tube |
1,000 |
|
20 |
Đầu côn 10 µl có lọc |
Cái |
1,000 |
|
21 |
Đầu côn 30 µl |
Cái |
1,200 |
|
22 |
Đầu côn 200 µl có lọc |
Cái |
2,200 |
|
23 |
Đầu côn 1 ml có lọc |
Cái |
3,200 |
|
24 |
Ethanol BDH |
ml |
0,500 |
|
25 |
Water-DEPC Treated |
ml |
2,000 |
|
26 |
Thạch |
Gam |
0,075 |
|
27 |
Ladder |
ml |
0,0025 |
|
28 |
Blue Juice Gel loading dye |
ml |
0,003 |
|
29 |
Ethidium Bromide |
ml |
0,100 |
|
30 |
TAE Buffer |
ml |
0,100 |
|
31 |
giấy dậm |
Cuộn |
0,100 |
|
32 |
Giấy xét nghiệm |
Tờ |
2,000 |
|
33 |
Sổ lưu kết quả xét nghiệm |
Tờ |
0,001 |
|
34 |
Bút viết kính |
Cái |
0,020 |
|
35 |
Bút bi |
Cái |
0,010 |
|
36 |
Mũ |
Cái |
0,020 |
|
37 |
Khẩu trang |
Cái |
0,020 |
|
38 |
găng |
Đôi |
0,100 |
|
39 |
căng thẳng xử lý phương tiện |
Đôi |
0,020 |
|
40 |
xống áo bảo hộ |
Bộ |
0,005 |
|
41 |
Dung dịch nước rửa tay |
ml |
8,000 |
|
42 |
Cồn khử trùng tay nhanh |
ml |
1,000 |
|
43 |
Dung dịch diệt trùng |
ml |
10,000 |
|
44 |
Khăn lau tay |
cái |
0,010 |
* Ghi chú: uổng ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/50 tổng tổn phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm nhàng nhàng 2 lần/1 năm).
Bệnh phẩm:
Huyết tương, huyết thanh.
Phiếu xét nghiệm
Điền đầy đủ thông báo theo mẫu phiếu đề nghị.
CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH
Các bước tiến hành thực hành theo dụng cụ, hóa chất được thí dụ ở trên.
Lấy bệnh phẩm
Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh: Lấy 3 ml máu vào ống lấy máu sát trùng có chất chống đông EDTA.
Tiến hành kỹ thuật
Tách chiết DNA tổng số.
thực hiện PCR.
Điện di rà soát sản phẩm.
Giải lớp lang gen.
rà và so sánh lớp lang gen của HBV trên ngân hàng dữ liệu gen quốc tế.
NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ
Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu độc nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy. lớp lang DNA của gen đích phải có độ tương đồng ≥ 90% mới có thể kết luận được genotype của HBV
NHỮNG SAI SÓT VÀ XỬ TRÍ
Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải soát lại quá trình tách chiết DNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại xét nghiệm.
Nếu lớp lang DNA bị nhiễu cần phải rà lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.
Hanya blogger biasa yang suka berkelana di dunia maya mencari seonggok informasi yang kiranya dapat berguna untuk dirinya. Terimakasih telah membacanya.
