HBV genotype PCR
MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊN LÝ
Mục đích
dùng cặp mồi đặc hiệu để xác định genotype của HBV (virus viêm gan B).
Nguyên lý
Dựa trên nguyên lý của kỹ thuật PCR.
CHUẨN BỊ
Người thực hành
Người thực hành: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh.
Người nhận định và phê duyệt kết quả: Cán bộ xét nghiệm có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.
dụng cụ, hóa chất
Phương tiện, hóa chất như ví dụ dưới đây hoặc tương đương.
Trang thiết bị
Tủ an toàn sinh vật học cấp 2.
Máy PCR.
Máy điện di.
Máy đọc điện di.
Máy ly tâm 25000 x g.
Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml.
Máy ủ nhiệt.
Máy vortex.
Micropipette.
Bộ lưu điện.
phương tiện, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)
Định mức sinh phẩm và vật tư tiêu hao cho 2 mẫu/lần thực hiện (VD).
uổng hóa chất, vật tư tiêu hao |
Đơn vị |
Số lượng |
|
1 |
Bông |
kg |
0,001 |
2 |
Cồn |
ml |
1,000 |
3 |
Bơm kim tiêm |
Cái |
1,000 |
4 |
Panh |
Cái |
0,0001 |
5 |
Khay đựng bệnh phẩm |
Cái |
0,0001 |
6 |
Hộp vận tải bệnh phẩm |
Test |
0,001 |
7 |
Tube đựng bệnh phẩm |
Cái |
2,000 |
8 |
Găng không có bột |
Cái |
0,500 |
9 |
Sinh phẩm chẩn đoán |
Test |
1,000 |
10 |
Khấu hao sinh phẩm cho rà soát lại |
Test |
1,350 |
11 |
EQAS (nếu thực hành) * |
0,020 |
|
12 |
Kit tách chiết DNA từ virus |
Test |
2,350 |
13 |
DNA marker |
Bộ |
1,000 |
14 |
Primer 1-1 xác định genotype A |
ml |
0,0001 |
15 |
Primer 1-2 xác định genotype A |
ml |
0,0001 |
16 |
Primer 2-1 xác định genotype B |
ml |
0,0001 |
17 |
Primer 2-2 xác định genotype B |
ml |
0,0001 |
18 |
Primer 3-1 xác định genotype C |
ml |
0,0001 |
19 |
Primer 3-2 xác định genotype C |
ml |
0,0001 |
20 |
Primer 4-1 xác định genotype D |
ml |
0,0001 |
21 |
Primer 4-2 xác định genotype D |
ml |
0,0001 |
22 |
Primer 5-1 xác định genotype E |
ml |
0,0001 |
23 |
Primer 5-2 xác định genotype E |
ml |
0,0001 |
24 |
Primer 6-1 xác định genotype F |
ml |
0,0001 |
25 |
Primer 6-2 xác định genotype F |
ml |
0,0001 |
26 |
Primer 7-1 xác định genotype G |
ml |
0,0001 |
27 |
Primer 7-2 xác định genotype G |
ml |
0,0001 |
28 |
Primer 8-1 xác định genotype H |
ml |
0,0001 |
29 |
Primer 8-2 xác định genotype H |
ml |
0,0001 |
30 |
Ống Eppendorf 1,5 ml |
Tube |
3.000 |
31 |
Ống Eppendorf 0,2 ml |
Tube |
1,000 |
32 |
Đầu côn 10 µl có lọc |
Cái |
1,000 |
33 |
Đầu côn 30 µl |
Cái |
1,200 |
34 |
Đầu côn 200 µl có lọc |
Cái |
2,200 |
35 |
Đầu côn 1 ml có lọc |
Cái |
3,200 |
36 |
Ethanol BDH |
ml |
0,500 |
37 |
Water-DEPC Treated |
ml |
2,000 |
38 |
Thạch |
Gam |
0,075 |
39 |
Ladder |
ml |
0,0025 |
40 |
Blue Juice Gel loading dye |
ml |
0,003 |
41 |
Ethidium Bromide |
ml |
0,100 |
42 |
TAE Buffer |
ml |
0,100 |
43 |
giấy dậm |
Cuộn |
0,100 |
44 |
Giấy xét nghiệm |
Tờ |
2,000 |
45 |
Sổ lưu kết quả xét nghiệm |
Tờ |
0,001 |
46 |
Bút viết kính |
Cái |
0,020 |
47 |
Bút bi |
Cái |
0,010 |
48 |
Mũ |
Cái |
0,020 |
49 |
Khẩu trang |
Cái |
0,020 |
50 |
bao tay |
Đôi |
0,100 |
51 |
Găng tay xử lý dụng cụ |
Đôi |
0,020 |
52 |
áo xống bảo hộ |
Bộ |
0,005 |
53 |
Dung dịch nước rửa tay |
ml |
8,000 |
54 |
Cồn sát trùng tay nhanh |
ml |
1,000 |
55 |
Dung dịch khử trùng |
ml |
10,000 |
56 |
Khăn lau tay |
cái |
0,010 |
* chú thích: tổn phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) ) là 1/50 tổng tổn phí phương tiện, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm nhàng nhàng 2 lần/1 năm).
Bệnh phẩm
Huyết thanh, huyết tương.
Phiếu xét nghiệm
Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu.
CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH
Các bước tiến hành thực hiện theo công cụ, hóa chất được ví dụ ở trên.
Lấy bệnh phẩm
Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh (xem phụ lục 3).
chối từ những bệnh phẩm không đạt đề nghị (xem phụ lục 6).
Tiến hành kỹ thuật
Tách chiết DNA tổng số.
thực hành PCR.
Điện di rà soát sản phẩm.
Đánh giá và kết luận.
NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ
Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu độc nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy và có kích tấc hạp tương ứng với thang DNA chuẩn.
NHỮNG sơ sót VÀ XỬ TRÍ
Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải rà soát lại quá trình tách chiết DNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại xét nghiệm.
