HCV genotype giải lớp lang gene
MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊN LÝ
Mục đích
Xác định genotype của HCV.
Nguyên lý
Dựa trên nguyên lý của kỹ thuật giải trình tự nucleotide trên gen đặc trưng của virus viêm gan C.
CHUẨN BỊ
Người thực hành
Người thực hành: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng thực về chuyên ngành Vi sinh.
Người nhận định và ưng chuẩn kết quả: Cán bộ xét nghiệm có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.
công cụ, hóa chất
Phương tiện, hóa chất như ví dụ dưới đây hoặc tương đương.
Trang thiết bị
Tủ an toàn sinh vật học cấp 2.
Máy PCR.
Máy đọc điện di.
Máy giải trình tự gen.
Máy ly tâm 25000 x g.
Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml.
Máy ủ nhiệt.
Máy vortex.
Micropipette.
Bộ lưu điện.
công cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)
Định mức sinh phẩm và vật tư tiêu hao cho 3 mẫu/lần thực hành (VD).
|
STT |
uổng hóa chất, vật tư tiêu hao |
Đơn vị |
Số lượng |
|
1 |
Bông |
kg |
0,001 |
|
2 |
Cồn |
ml |
1,000 |
|
3 |
Bơm kim tiêm |
Cái |
1,000 |
|
4 |
Panh |
Cái |
0,0001 |
|
5 |
Khay đựng bệnh phẩm |
Cái |
0,0001 |
|
6 |
Hộp vận tải bệnh phẩm |
Test |
0,001 |
|
7 |
Tube đựng bệnh phẩm |
Cái |
2,000 |
|
8 |
Găng không có bột (DNase-RNase free) |
Cái |
0,500 |
|
9 |
Sinh phẩm chẩn đoán |
Test |
1,000 |
|
10 |
Khấu hao sinh phẩm cho rà chất lượng |
Test |
1,350 |
|
11 |
EQAS (nếu thực hiện) * |
0,020 |
|
|
12 |
Kit tách chiết ARN từ virus |
Test |
2,350 |
|
13 |
DNA marker |
Bộ |
1,000 |
|
14 |
Primer 1 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
15 |
Primer 2 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
16 |
Primer 3 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
17 |
Primer 4 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
18 |
Ống Eppendorf 1,5 ml |
Tube |
3,000 |
|
19 |
Ống Eppendorf 0,2 ml |
Tube |
1,000 |
|
20 |
Đầu côn 10 µl có lọc |
Cái |
1,000 |
|
21 |
Đầu côn 30 µl |
Cái |
1,200 |
|
22 |
Đầu côn 200 µl có lọc |
Cái |
2,200 |
|
23 |
Đầu côn 1 ml có lọc |
Cái |
3,200 |
|
24 |
Ethanol BDH |
ml |
0,500 |
|
25 |
Water-DEPC Treated |
ml |
2,000 |
|
26 |
Thạch |
Gam |
0,075 |
|
27 |
Ladder |
ml |
0,0025 |
|
28 |
Blue Juice Gel loading dye |
ml |
0,003 |
|
29 |
Ethidium Bromide |
ml |
0,100 |
|
30 |
TAE Buffer |
ml |
0,100 |
|
31 |
Giấy thấm |
Cuộn |
0,100 |
|
32 |
Giấy xét nghiệm |
Tờ |
2,000 |
|
33 |
Sổ lưu kết quả xét nghiệm |
Tờ |
0,001 |
|
34 |
Bút viết kính |
Cái |
0,020 |
|
35 |
Bút bi |
Cái |
0,010 |
|
36 |
Mũ |
Cái |
0,020 |
|
37 |
Khẩu trang |
Cái |
0,020 |
|
38 |
căng thẳng |
Đôi |
0,100 |
|
39 |
Găng tay xử lý phương tiện |
Đôi |
0,020 |
|
40 |
áo quần bảo hộ |
Bộ |
0,005 |
|
41 |
Dung dịch nước rửa tay |
ml |
8,000 |
|
42 |
Cồn vô trùng tay nhanh |
ml |
1,000 |
|
43 |
Dung dịch diệt trùng |
ml |
10,000 |
|
44 |
Khăn lau tay |
cái |
0,010 |
* chú thích: hoài ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/50 tổng phí công cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 2 lần/1 năm).
Bệnh phẩm
Huyết thanh, huyết tương hoặc tổ chức sinh thiết.
Phiếu xét nghiệm
Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu.
CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH
Các bước tiến hành thực hành theo công cụ, hóa chất được tỉ dụ ở trên.
Lấy bệnh phẩm
Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh (xem phụ lục 3).
Từ chối những bệnh phẩm không đạt đề nghị (xem phụ lục 6).
Tiến hành kỹ thuật
Tách chiết RNA tổng số.
thực hành RT-PCR.
Điện di soát sản phẩm.
Giải trình tự gen.
thẩm tra và so sánh lớp lang gen của HCV trên ngân hàng dữ liệu gen quốc tế.
NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ
Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu độc nhất vô nhị, rõ nét và không bị đứt gẫy. trình tự DNA của gen đích không bị nhiễu và phải có độ tương đồng ≥ 90% mới có thể kết luận được genotype của HCV.
NHỮNG sơ sót VÀ XỬ TRÍ
Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải rà soát lại quá trình tách chiết RNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại xét nghiệm.
Nếu lớp lang DNA bị nhiễu cần phải rà soát lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.
Hanya blogger biasa yang suka berkelana di dunia maya mencari seonggok informasi yang kiranya dapat berguna untuk dirinya. Terimakasih telah membacanya.
