HIV kháng thuốc giải lớp lang gene
MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊN LÝ
Mục đích
Phát hiện sự đổi thay trình tự nucleotide liên quan đến kháng thuốc của virus gây suy giảm miễn dịch ở người ( Human Immmunodeficiency Virus - HIV) trong huyết thanh hoặc huyết tương.
Nguyên lý
Xác định sự đổi thay lớp lang nucleotide liên tưởng đến kháng thuốc của HIV bằng kỹ thuật giải lớp lang gen.
CHUẨN BỊ
Người thực hành
Người thực hiện: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh.
Người nhận định và duyệt kết quả: Cán bộ xét nghiệm có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.
công cụ, hóa chất
Phương tiện, hóa chất như tỉ dụ dưới đây hoặc tương đương.
Trang thiết bị
Tủ an toàn sinh vật học cấp 2.
Máy PCR.
Máy điện di.
Máy đọc điện di.
Máy giải lớp lang gen.
Máy ly tâm 25000 x g.
Máy ly tâm cho tube 0,2 ml.
Máy ủ nhiệt
Máy vortex.
Bộ lưu điện
Tủ lạnh 2ºC - 8ºC.
Tủ âm sâu (-20ºC hoặc -70ºC).
Micropipette.
dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)
thực hành xét nghiệm 02 mẫu/lần.
|
STT |
phí tổn hóa chất, vật tư tiêu hao |
Đơn vị |
Số lượng |
|
1 |
Bông |
kg |
0,001 |
|
2 |
Cồn |
ml |
1,000 |
|
3 |
Bơm kim tiêm |
Cái |
1,000 |
|
4 |
Panh |
Cái |
0,0001 |
|
5 |
Khay đựng bệnh phẩm |
Cái |
0,0001 |
|
6 |
Hộp chuyển vận bệnh phẩm |
Test |
0,001 |
|
7 |
Tube đựng bệnh phẩm |
Cái |
2,000 |
|
8 |
Găng không có bột |
Cái |
0,500 |
|
9 |
Sinh phẩm chẩn đoán |
Test |
1,000 |
|
10 |
Khấu hao sinh phẩm cho chạy chứng và kiểm tra chất lượng |
Test |
1,350 |
|
11 |
Kit tách chiết RNA từ virus |
Test |
2,350 |
|
12 |
Primer 1 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
13 |
Primer 2 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
14 |
Primer 3 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
15 |
Primer 4 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
16 |
Ống Eppendorf 1,5 ml |
Tube |
3,000 |
|
17 |
Ống Eppendorf 0,2 ml |
Tube |
1,000 |
|
18 |
Đầu côn 10 µl có lọc |
Cái |
1,000 |
|
19 |
Đầu côn 30 µl |
Cái |
1,200 |
|
20 |
Đầu côn 200 µl có lọc |
Cái |
2,200 |
|
21 |
Đầu côn 1 ml có lọc |
Cái |
3,200 |
|
22 |
Ethanol BDH |
ml |
0,500 |
|
23 |
Water-DEPC Treated |
ml |
2,000 |
|
24 |
Thạch |
Gam |
0,075 |
|
25 |
Ladder |
ml |
0.0025 |
|
26 |
Blue Juice Gel loading dye |
ml |
0.003 |
|
27 |
Ethidium Bromide |
ml |
0.100 |
|
28 |
TAE Buffer |
ml |
0.100 |
|
29 |
Giấy thấm |
Cuộn |
0,100 |
|
30 |
Giấy xét nghiệm |
Tờ |
2,000 |
|
31 |
Sổ lưu kết quả xét nghiệm |
Tờ |
0,001 |
|
32 |
Bút viết kính |
Cái |
0,020 |
|
33 |
Bút bi |
Cái |
0,010 |
|
34 |
Mũ |
Cái |
0,020 |
|
35 |
Khẩu trang |
Cái |
0,020 |
|
36 |
Găng tay xử lý công cụ |
Đôi |
0,020 |
|
37 |
áo quần bảo hộ |
Bộ |
0,005 |
|
38 |
Dung dịch nước rửa tay |
ml |
8,000 |
|
39 |
Cồn sát trùng tay nhanh |
ml |
1,000 |
|
40 |
Dung dịch tiệt trùng |
ml |
10,000 |
|
41 |
Khăn lau tay |
cái |
0,010 |
|
42 |
Ngoại kiểm (nếu có)* |
0,020 |
* chú giải: tổn phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/50 tổng phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 3 lần/1 năm).
Bệnh phẩm
Huyết thanh, huyết tương.
Phiếu xét nghiệm
Điền đầy đủ thông báo theo mẫu phiếu yêu cầu.
CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH
Các bước tiến hành thực hành theo công cụ, hóa chất được thí dụ ở trên.
Lấy bệnh phẩm
Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh: xem chi tiết phụ lục 3.
từ khước những bệnh phẩm không đạt yêu cầu: xem chi tiết phụ lục 6.
Tiến hành kỹ thuật
Tách chiết RNA tổng số.
thực hiện RT-PCR.
Điện di rà soát sản phẩm.
Giải lớp lang gen.
rà và phân tách trình tự gen kháng thuốc của HIV trên nhà băng dữ liệu gen quốc tế.
NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ
Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy. trình tự DNA của gen đích không bị nhiễu và phải cho thấy có sự thay đổi một số vị trí nucleotide trên gen ứng với các loại thuốc điều trị HIV.
NHỮNG SAI SÓT VÀ XỬ TRÍ
Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải kiểm tra lại quá trình tách chiết RNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hành lại xét nghiệm.
Nếu lớp lang DNA bị nhiễu cần phải rà soát lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.
Hanya blogger biasa yang suka berkelana di dunia maya mencari seonggok informasi yang kiranya dapat berguna untuk dirinya. Terimakasih telah membacanya.
